华体会-我国科学家公布世界首个藏羚染色体水平高质量基因组—新闻—科学网

14日，记者从中国科学院西北高原生物研究所得悉，该研究所张同作研究员结合青海年夜学魏青副传授等团队，成功组装了藏羚染色体级此外基因组，初次取得藏羚染色体程度的高质量基因组和注释信息，为藏羚的顺应进化遗传机制、庇护遗传学研究和进一步摸索物种迁移行动的遗传机制供给了主要基因组资本。相干成果颁发在《天然》旗下综合性科学期刊《科学数据》上。

藏羚基因组的组装和注释成果。受访单元供图

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张同作向记者介绍，藏羚是世居青藏高原的典型反刍动物，平均散布海拔为3250米至5500米之间，是藏羚属独一物种。19世纪中期至20世纪初，不法盗猎使藏羚的种群数目降落了约90%，2000年藏羚被IUCN红色濒危物种名录评估为濒危物种。颠末30多年的庇护，藏羚的种群数目恢复到了20多万只，世界天然庇护同盟对其评级从濒危降为近危。

藏羚不但是世界上散布海拔最高的反刍动物之一，也是青藏高原独一具有长距离迁移行动的物种，是研究高海拔顺应性机制和迁移行动的杰出模子。但是迄今为止，公然数据库中仍贫乏藏羚高质量的染色体程度基因组，严重限制了基在遗传特点解析其物种顺应、进化和种群生态相干工作的展开。

藏羚的基因组特点和与近缘物种之间的基因组共线性成果。受访单元供图

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基在PacBio HiFi三代基因组测序、Hi-C测序和DNBSEQ-T7二代基因组survey测序三种测序手艺，研究团队成功组装了藏羚染色体级此外基因组。张同作暗示，数据评估藏羚基因组BUSCO得分为98.2%，平均QV值为70.14，注解组装的持续性好，完全度和正确性高。基在EDTA和RepeatModeler从头猜测的藏羚基因组中反复序列注释成果注解，藏羚基因组反复序列首要由SINEs、LINEs、LTRs 和DNA transposons四种类型构成，序列总长度为1.65Gb，占基因组的52.47%；基在卵白同源猜测、卵白从头猜测和深度进修等多种策略，在藏羚基因组上共注释到28330个功能基因。

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